Criado em 1992, este novo modelo veio para substituir a OLEI - Olimpíada Estudantil de Itajaí.
A OLEI era organizada inicialmente pelo GESI - Grêmio estudantil do Colégio Salesiano e foi incorporada a seguir pelo órgão de administração esportiva do município a CME (comissão municipal de esportes). Eram tempos diferentes onde a cidade contava com apenas um ginásio de esportes, o "Ivo Silveira", onde aconteciam as disputas das modalidades coletivas.
A participação de municípios vizinhos era outro diferencial da OLEI. As cidades de Navegantes e Balneário Camboriú representadas respectivamente pelo Colégio Júlia Miranda de Souza e o Colégio Agrícola, participavam ativamente de todas as edições dos jogos.
No regulamento da época não havia restrições quanto ao limite de idade, favorecendo assim a participação dos colégios com cursos noturnos, aumentando a disputa e tornando as competições ainda mais acirradas. Desde aquela época os colégios São José e Salesiano já despontavam como as maiores expressões da competição, seguidos pelo Colégio Fayal e Colégio Nilton Kucker. Mais tarde, com a criação da FEPEVI (UNIVALI) e anos depois do Colégio Unificado, esta liderança esteve ameaçada e a cada edição despontava um novo líder.
A grande diferença de estrutura em relação aos jogos da atualidade não impediu que a antiga competição fosse a base da formação esportiva do município. Os grandes atletas da época se tornaram em alguns casos nos excelentes técnicos de hoje e alguns grandes técnicos da época ainda contribuem para o sucesso do esporte Itajaiense. Como importantes exemplos podemos citar: O Professor Dario Passos, Verônica Roncelli (coordenadora de Projetos do Colégio Salesiano), Edgar da Conceição, Kátia da C. Cruz, Ademar Steil, De Paula, além de outros importantes atletas e técnicos que passaram pelo evento, além de outros que já nos deixaram.
O JEI, como versão moderna dos jogos ainda desperta o interesse dos jovens, sendo o primeiro passo para a formação de um atleta e peça importante no currículo esportivo. A cidade de Itajaí conta hoje com cerca de oito colégios particulares e a rede municipal de ensino cresceu em dimensões ainda maiores, fazendo crescer com isto o universo esportivo e favorecendo o incremento das disputas nos jogos. Os colégios particulares já não são os únicos campeões, embora o Colégio Salesiano tenha o título de campeão Geral do JEI por 9 vezes.
Em 2007 e 2008, o Colégio Salesiano foi vice-campeão geral, tendo o Colégio São José conquistado o título.
A Fundação Municipal de Esporte e Lazer, a Secretaria de Saúde de Itajaí e a Vigilância Epidemiológica do Município decidiram suspender temporariamente a 17ª Edição dos Jogos Escolares de Itajaí (JEI) e o 2° Festival de Atletismo, como medida de prevenção à gripe A.
O 2° Festival de Atletismo estava marcado para este sábado, dia 22, na Pista Municipal de Atletismo e reuniria cerca de 600 estudantes entre 10 e 16 anos. Já o JEI aconteceria entre os dias 10 e 20 de setembro, reunindo cerca de 2 mil estudantes com idades entre 11 e 17 anos.
A FMEL ainda não marcou uma nova data para os eventos serem realizados.
